「idohaka」さんと「spielerei8707 」さん、有難うございました。解決ができて本当に良かったです。皆様に幸があらんこを・・・。（ちょっと堅苦しすぎたでしょうか？）

※下のご回答で対応可能でしたら、この回答は無視してください。

質問内容から判断しきれないのですが、
もしかして画像の背景を透過できないということでしょうか。
その場合の対処を一応書いておきます。

1.
①描いた絵をRmakeの「ドット絵を描く」から「PNGファイルを読み込み」で取り込む。
②取り込んだ絵の背景が白くなっている場合は、「消しバケツ」等を使って背景を透過させる（チェック模様になれば透過した状態になります）
③背景を透過したら「PNGファイルとして保存」で自分のPCに保存。Rmakedotの方は破棄してしまっても構いません。
④保存したPNGファイルを一枚絵としてアップロードする。

この方法には欠点があって画像サイズを32pxの倍数にしておかないと、うまく編集できません。外部のツールをあまり使いたくない、という場合には、まずこの方法を試してみましょう。

2.
外部に画像を透過するツールを公開されているサイトがありますので、
それを利用するのもひとつの方法です。
というか、こっちの方が手っ取り早いですね。

どうも、こんにちは。
それは、アップロードしたはずの画像が真っ白の空白になってしまう、ということですか？

その現象は、もしかして、aiファイルやepsファイルなどの、Illustrator専用の、Rmakeが対応していないファイルを、アップロードしていたりするのではないのですか？

Rmakeでは、pngという形式の画像ファイルしか素材として使えません。

対処方法として、一度、Illustratorを起動し、その一枚絵のファイルを開き、「ファイル」メニューを開いて、その中から「書き出し」という項目を探してクリックしてください。

すると、何やら設定を聞いてくる画面が出るはずです。
ファイル名とか何とか。
その中に、「ファイルの種類」という項目があるので、そこからpngというファイル形式を選び、ほかの項目も、何かとんでもない数字が入っていないか確認します。

そして、「保存」ボタンを押せば、指定したファイル名で新しいファイルが一つできます。

で、その新しいファイルの方をRmakeにアップロードすれば、解決できると思います。

では。