※下のご回答で対応可能でしたら、この回答は無視してください。

質問内容から判断しきれないのですが、
もしかして画像の背景を透過できないということでしょうか。
その場合の対処を一応書いておきます。

1.
①描いた絵をRmakeの「ドット絵を描く」から「PNGファイルを読み込み」で取り込む。
②取り込んだ絵の背景が白くなっている場合は、「消しバケツ」等を使って背景を透過させる（チェック模様になれば透過した状態になります）
③背景を透過したら「PNGファイルとして保存」で自分のPCに保存。Rmakedotの方は破棄してしまっても構いません。
④保存したPNGファイルを一枚絵としてアップロードする。

この方法には欠点があって画像サイズを32pxの倍数にしておかないと、うまく編集できません。外部のツールをあまり使いたくない、という場合には、まずこの方法を試してみましょう。

2.
外部に画像を透過するツールを公開されているサイトがありますので、
それを利用するのもひとつの方法です。
というか、こっちの方が手っ取り早いですね。

※下のご回答で対応可能でしたら、この回答は無視してください。

質問内容から判断しきれないのですが、
もしかして画像の背景を透過できないということでしょうか。
その場合の対処を一応書いておきます。

1.
①描いた絵をRmakeの「ドット絵を描く」から「PNGファイルを読み込み」で取り込む。
②取り込んだ絵の背景が白くなっている場合は、「消しバケツ」等を使って背景を透過させる（チェック模様になれば透過した状態になります）
③背景を透過したら「PNGファイルとして保存」で自分のPCに保存。Rmakedotの方は破棄してしまっても構いません。
④保存したPNGファイルを一枚絵としてアップロードする。

この方法には欠点があって画像サイズを32pxの倍数にしておかないと、うまく編集できません。外部のツールをあまり使いたくない、という場合には、まずこの方法を試してみましょう。

2.
外部に画像を透過するツールを公開されているサイトがありますので、
それを利用するのもひとつの方法です。
というか、こっちの方が手っ取り早いですね。