いろいろ試した結果、

『攻撃の効果アニメーションの設定サイズが実際アニメーションの画像のサイズと一致しない場合（設定サイズのほうが大きい場合？）』

に発生する気がします。
なんでこんなことになったかと言うと、




１、全体攻撃にアニメーションを設定する。
↓
２、強制的に遠距離攻撃として処理されるのでアニメーションが使い物にならない。
↓
３、アニメーションを透明に差し替える。

３の時にサイズをあわせなかったのでおかしくなったのかも知れません。

とりあえずちゃんと敵が消えるようになったのでもういいです。
すみません、お騒がせしました。

Rmakeのご利用ありがとうございます。

いくつかパターンを試してみましたが再現しませんでした。
もしより詳しい情報などありましたら報告いただけるとありがたいです。

よろしくお願いします。