rurun9さん
だいたいわかりましたありがとうございます

マップエディタにてチップを並べる際に、「レイヤー」というのが選択できます。
完成したマップでは、必ずレイヤー０の上にレイヤー１が重なって見えるようになっています。

なので、地面とかを中心に「書き込み先レイヤー０」にチップを並べる事が基本です。
この土台ができたら「書き込み先レイヤー１」に変更して小物をいくつか置いていくようにしましょー
その際に表示を「全部」「０だけ」「１だけ」に切り替えながら確認していけば良いかと思います。
表示をレイヤー１だけにした時ほとんど黒くなりますが、コレは消えたのではなく他を表示していないだけなので、焦らずに。

ただしマップチップ画像のチップ自体が、黒色RGB(0,0,0)で塗られている場合はどうにもなりません。透明色をつかいましょー