無事、解決することができました。
dycoonさん、ikosamiさん ありがとうございました。

イベントで透明な壁
(画像なし,あたり判定あり,スクリプトは何も書かなくてOK)
を作れば、壁になります。

すべての場所を通れなくしなくても、
すり抜ける入り口のようなところをすべてふさいでしまえば
OKです。

Rmakeのご利用ありがとうございます。

新しいエディタのほうを使う場合は、
メインエディタでツールリストからマップチップを選んで
通行設定をしたいマップチップのエディットを選択して
マップチップにどれなら通れてどれなら通れないかということを
設定します。

ほかの人のマップチップを使用する場合は、
変更できませんが、マップチップ画像が公開されていれば
マップチップに画像を設定することで、
通行設定をおこなうことができます。