女神は時系列をバラバラにかつ省略して話してるので、ちょっと整理しますね。

―古代―
『境界』が綻び始め、魔物たちがやってくる
神々は魔物たち（ドラゴン含む）を倒し『境界』を封じるも相討ちになり封印される
～～～～～～
2000年経過
～～～～～～
―現代―
（１の物語開始前）
とある兵士がドラゴンを呼び寄せる方法をなぜか知ってしまい、グリーンドラゴンを復活させる
フィルスト王国がドラゴン退治の人員募集開始
（１開始）
アインが志願しドラゴンを倒す

女神が言っていたのは、「大昔ドラゴンたちを倒したが、
（現代になって）ドラゴンの一体を復活させた者がいる。
そういう人間がいずれ出てくるかもしれないが（古代の時点でそういう予測はしていたが）、
それでも人間たちを守るために戦い、境界を封じた」という内容です。

グリーンドラゴンはアインたちが旅立つ少し前に復活し、塔に住み着きました。
石碑には上記でいう「古代」のとこが書いてあります。

女神は時系列をバラバラにかつ省略して話してるので、ちょっと整理しますね。

―古代―
『境界』が綻び始め、魔物たちがやってくる
神々は魔物たちを倒し『境界』を封じるも相討ちになり封印される
～～～～～～
2000年経過
～～～～～～
―現代―
（１の物語開始前）
とある兵士がドラゴンを呼び寄せる方法をなぜか知ってしまい、グリーンドラゴンを復活させる
フィルスト王国がドラゴン退治の人員募集開始
（１開始）
アインが志願しドラゴンを倒す

女神が言っていたのは、「大昔ドラゴンたちを倒したが、
（現代になって）ドラゴンの一体を復活させた者がいる。
そういう人間がいずれ出てくるかもしれないが（古代の時点でそういう予測はしていたが）、
それでも人間たちを守るために戦い、境界を封じた」という内容です。

グリーンドラゴンはアインたちが旅立つ少し前に復活し、塔に住み着きました。
石碑には上記でいう「古代」のとこが書いてあります。