Rmakeのご利用ありがとうございます。

透明部分があるマップをレイヤー0（下地）のマップに描き込むと
そうなってしまうかと思います。
書き込み先をレイヤー0にしてから床や地面などを描き、
そのあと書き込み先をレイヤー1にして
木や装飾など透明部分があるものを配置すればよいかと思います。

よろしくお願いします。

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透明部分があるマップをレイヤー0（下地）のマップに描き込むと
そうなってしまうかと思います。
書き込み先をレイヤー0にしてから床や地面などを描き、
そのあと書き込み先をレイヤー1にして
木や装飾など透明部分があるものを配置すればよいかと思います。

よろしくお願いします。