"戦闘中"はフラグとして扱っているようですが、
戦闘に入ったときに実行したい処理のところで
getVariable("戦闘中")としてしまっています。

setFlagとsetVariableは名前が同じ場合でも
別々の場所に保存されます。
そのため動作が思い通りに動いていないのではないかと思います。

setFlag("チャプター変更", true)についてですが
changeSceneはその場で処理を中断して
別のシーンに移るのに対して
changeChapterは、条件によってはそのあとの処理を
おこなってしまいます。
そのため、changeSceneを呼んだ後は
処理をおこなわないようにsetFlag("チャプター変更", true)
を設定しています。

ただ、この動作は問題だと思いますので、
changeChapterもその場で処理を中断して
チャプターを変更させようと考えています。
setFlag("チャプター変更", true)は
一時的なものになる予定です。

修正をおこなうなどしましたら、またここに書き込もうかと思います。

よろしくお願いします。

"戦闘中"はフラグとして扱っているようですが、
戦闘に入ったときに実行したい処理のところで
getVariable("戦闘中")としてしまっています。

setFlagとsetVariableは名前が同じ場合でも
別々の場所に保存されます。
そのため動作が思い通りに動いていないのではないかと思います。

setFlag("チャプター変更", true)についてですが
changeSceneはその場で処理を中断して
別のシーンに移るのに対して
changeChapterは、条件によってはそのあとの処理を
おこなってしまいます。
そのため、changeSceneを呼んだ後は
処理をおこなわないようにsetFlag("チャプター変更", true)
を設定しています。

ただ、この動作は問題だと思いますので、
changeChapterもその場で処理を中断して
チャプターを変更させようと考えています。
setFlag("チャプター変更", true)は
一時的なものになる予定です。

修正をおこなうなどしましたら、またここに書き込もうかと思います。

よろしくお願いします。