ifはendで閉じないと動作しません。

『選択肢を表示させるスクリプトの中で』というのが良くわからないですが、
おそらくcase文中にif文を挿入することが出来るのか、と言う質問内容だと思ってお答えしますと、問題なく出来ます。例を挙げます。
[ case getVariable("変数１") when 0 if getFlag("フラグ１") speak("フラグ１を取得しています") else speak("フラグ１を取得していません") end when 1 speak("変数１は1です") end ]

非常に簡略化するとこういう構造です。（これ自体をコピペしてもうまく動作しません）
ifに対応するend,caseに対応するend,人間が見たらどれかわからなくなるかもしれませんが、機械は区別してくれるので大丈夫です。

見当違いだったらすみません。

ifはendで閉じないと動作しません。

『選択肢を表示させるスクリプトの中で』というのが良くわからないですが、
おそらくcase文中にif文を挿入することが出来るのか、と言う質問内容だと思ってお答えしますと、問題なく出来ます。例を挙げます。
[ case getVariable("変数１") when 0 if getFlag("フラグ１") speak("フラグ１を取得しています") else speak("フラグ１を取得していません") end when 1 speak("変数１は1です") end ]

非常に簡略化するとこういう構造です。（これ自体をコピペしてもうまく動作しません）
ifに対応するend,caseに対応するend,人間が見たらどれかわからなくなるかもしれませんが、機械は区別してくれるので大丈夫です。

見当違いだったらすみません。